Обретя независимость, молодая республика оказалась на перекрестке транспортных путей между соседями. Транзитом хлынули материальные ценности через территорию государства в сопредельные страны. Не всегда лица, перевозящие материальные ценности, ставили своей целью доставку груза в конечный пункт назначения за пределами территории Беларуси. Стали учащаться факты не прихода транспорта на таможню, когда груз разгружался на белорусской территории без уплаты налогов и таможенных пошлин, нанося экономический ущерб интересам государства. Кроме того, имели место факты нападения на транспортные средства преступных группировок. В связи с этим, для обеспечения сопровождения ценных грузов, оказания других охранных услуг и с учетом складывающего спроса на них, в соответствии с решением руководства МВД Республики Беларусь, приказом объединения «Охрана» при МВД Республики Беларусь от 13 мая 1992 года № 01 был создан отдельный моторизованный взвод милиции.
Пропуск для внеочередного въезда в пункт пропуска на государственной границе Республики Беларусь. Данные пропуска были именные и выдавались каждому сотруднику подразделения для сопровождения транспортных средств.
Уже менее чем через год, с целью обеспечения увеличения объемов охраны и сопровождения ценных грузов и денежных средств, а также охраны физических лиц приказом Министерства внутренних дел Республики Беларусь от 16 марта 1993 года №72 было объявлено о создании специального подразделения милиции. Согласно данного приказа подразделение милиции охраны является составной частью объединения «Охрана» при МВД Республики Беларусь.
В дальнейшем, во исполнение постановления Кабинета Министров Республики Беларусь от 18 апреля 1995 года приказом начальника объединения «Охрана» от 12 мая 1995 года № 8 была создана отдельная специальная рота милиции, основной задачей которой являлось организация сопровождения особо ценных грузов, перемещаемых под таможенным надзором.
В 2013 году на базе отдельной специальной роты милиции был создан специальный отдел милиции Департамента охраны для выполнения особых и специфических задач в области охранной деятельности, в том числе осуществления оперативного управления и координации деятельности нарядов сопровождения территориальных подразделений Департамента охраны
Руководители подразделения:

Первым командиром отдельного моторизованного взвода был назначен
капитан милиции Цухло Михаил Петрович
Руководил подразделением с 1992 года по 1994 год

С 1994 года по 1996 год руководителем подразделения был
старший лейтенант милиции Иссар Сергей Михайлович

В 1996 году командиром отдельной специальной роты милиции был назначен
капитан милиции Шляжко Петр Филиппович

С 2002 года по 2013 год командиром являлся
подполковник милиции Уличев Олег Олегович.
С 2013 года по 2016 год начальником специального отдела милиции являлся
майор милиции Морозов Александр Михайлович.